Phủ đường Ninh Hòa là công trình kiến trúc có dạng hình chữ nhật với bốn cạnh là tường hồi bít đốc, mặt tiền quay về hướng Đông Nam. Về tổng thể, di tích được kết cấu theo mô típ nhà truyền thống của vùng đồng bằng Khánh Hòa theo kiểu 3 gian 2 chái.